Om het eerste nummer van het weekblad te kunnen vullen, zochten Hergé en zijn rechterhand Jacques Van Melkebeke, de eerste hoofdredacteur van het blad, het niet te ver. Sinds januari 1944 was Edgar P. Jacobs een waardevolle medewerker voor de reeks Kuifje. Hij had gevoel voor kleur, decor, kostumering en ook als co-scenarist stond hij zijn mannetje. Voor het eerste nummer verleende hij uiteraard zijn medewerking aan de cover en de dubbelpagina van het Kuifje-avontuur De Zonnetempel en hij illustreerde de tekstverhalen Planeten Voeren Oorlog (beter bekend als The War of the Worlds van H. G. Wells) en De Hond van de Koningin en het Paard van den Koning. Bovendien stond ook de eerste pagina van Het Geheim van den Zwaardvisch op de laatste pagina van het nummer. Daarop stonden niet eens de twee hoofdfiguren, maar al wel hun beider aartsvijand, Olrik. Voor de hoofdpersonages, professor Philip Mortimer en kapitein Francis Blake, baseerde Jacobs zich op respectievelijk zijn goede vriend Jacques Laudy (die al model stond voor Lord Calder in Jacobs' vorige stripverhaal De "U"-Straal) en Jacques Van Melkebeke, die tevens het verhaal uit de startblokken hielp als co-scenarist en inkter. Voor de gentleman-schurk Olrik nam Jacobs zichzelf als voorbeeld. Voor de andere slechterik, Dagon, koos hij zijn oude schoolrivaal Henri Quittelier als gezicht. Jaren later huwde Jacobs met de ex-verloofde van Quittelier.

Jacobs presenteerde een doemdenkscenario met een Derde Wereldoorlog, de overwinning van de Asmogendheden, een beetje sciencefiction, een geweldige uitvinding (het straalvliegtuig de Zwaardvis van Mortimer), een concrete dreiging en heel wat ernst. Hergé wilde een moderne reeks in zijn blad... wel, hij kreeg ze! Jacobs wilde nochtans eerst een historische, middeleeuwse reeks maken, Roland le Hardi, met een ridder, een slechterik en een knappe dame, om na De "U"-Straal niet weer een space opera te hoeven maken naar het voorbeeld van Flash Gordon. Artistiek directeur Hergé wierp echter op dat er met Paul Cuveliers Corentin en Laudy's De Legende der Vier Heemskinderen al twee andere historisch gesitueerde verhalen in Kuifje zouden staan. Het vrouwelijke hoofdpersonage zou bovendien ook voor problemen kunnen zorgen met de katholieke achterban die een lucratieve afnemer als abonnee betekende.

Na slechts enkele weken was het o zo Britse duo al uitgegroeid tot een te duchten concurrent voor de rosse reporter. Kuifje stak bleek af tegen de twee helden die de wereld aan het redden waren. Jacobs wilde ondertussen erkenning voor zijn werk aan de reeks Kuifje en wilde aan zijn contract met Hergé sleutelen. Mee op de cover vernoemd staan bijvoorbeeld, maar dat duldde Hergé niet. Vanaf januari 1947 hield de samenwerking op. Beide heren bleven bevriend, maar op professioneel gebied waren ze elkaars rivalen. Zo ging Hergé in 1950 bij uitgever Raymond Leblanc klagen omdat hij Het Geheim van de Zwaardvis als album uitgaf, wat volgens Hergé niet van loyaliteit getuigde. Het betekende bovendien rechtstreekse concurrentie voor de albumverkoop van zijn eigen Kuifjes die bij Casterman verschenen. Dat album van Blake en Mortimer was trouwens het eerste dat Le Lombard uitgaf, toen nog in de Lombard Collectie met de beste verhalen uit het weekblad. Er raakten tienduizend exemplaren verkocht, in die tijd een uitstekend resultaat.

Hergé liet het niet na om kritiek te leveren op de donkere sfeer en op details in Blake en Mortimer of zelfs over te gaan tot censuur, bijvoorbeeld door een te grimmig covervoorstel voor Het Gele Teken te weigeren. In zowat elk nieuw verhaal hield Jacobs daarmee rekening door voor een andere setting en een ander soort avontuur te kiezen. Maar er was altijd wel wat.

Het Geheim van de Zwaardvis was een avontuur met veel machtsvertoon en technologische hoogstandjes. In het tweede verhaal, Het Mysterie van de Grote Piramide, veranderde Jacobs het geweer van schouder en speelde hij historische - en fantasytoetsen uit. Het Gele Teken, Het Raadsel van Atlantis en De Valstrik presenteerden dan weer pure sf-elementen. En de jonge lezertjes van Kuifje smulden ervan. Volgens de overlevering dook het bekende gele teken overal in krijt op muren en speelpleinen op terwijl er al eens een "Bij Horus, laat af!!!" te horen viel.

Het perfectionisme dat Jacobs voor de dag legde, kende zijn tol. Hij had almaar meer tijd nodig om zijn verhalen uit te werken. De pauze tussen twee avonturen duurde van enkele maanden tot enkele jaren voor latere verhalen. Maar elke comeback was meteen een evenement. Begin jaren 1970 publiceerde hij de eerste vierenveertig pagina's van De 3 Formules van Professor Satô en hij beloofde snel het vervolg. Maar dat vervolg bleef uit. Hij overleed in 1987. Jacques Martin werd gepolst om het vervolg te tekenen. Na diens weigering nam Bob De Moor de ondankbare taak op zich. Het verscheen in 1989 alsnog in het weekblad Kuifje.

In tegenstelling tot Hergé gaf Jacobs te kennen dat zijn personages wel door anderen mocht verdergezet worden. Dat gebeurde pas in 1996, vooreerst door Ted Benoit en Jean Van Hamme. Sindsdien ging de verkoop van de oude verhalen dankzij het succes van de nieuwe albums torenhoog de lucht in. Ondertussen hielpen ook de tekenaars André Juillard, René Sterne (snel opgevolgd door diens weduwe Chantal de Spiegeleer), Antoine Aubin, Peter van Dongen, Teun Berserik, Christian Cailleaux, inkter en depanneur Étienne Schreder en de scenaristen Yves Sente, Jean Dufaux, José Louis Bocquet en Jean-Luc Fromental het universum van Jacobs en diens helden uitbreiden. Daarnaast verschijnen heel wat naslagwerken, buitenreeksalbums en geïllustreerde verhalen, zoals De Laatste Farao door François Schuiten, Thomas Gunzig en Jaco Van Dormael, De Kunst van het Oorlogsvoeren door Jean-Claude Floc'h, Bocquet en Fromental en De Dubbele Expo door Laurent Durieux, James Huth en Sonja Shillito.

Sinds 2026 loopt een integrale editie van Blake en Mortimer die alle verhalen zal bundelen — ook die na Jacobs — naar de Britse integrale uitvoering met uitgebreide en rijkelijk geïllustreerde dossiers.