Alejandro Jodorowsky werd geboren op 7 februari 1929 in het Chileense Iquique. Zijn voornaam wordt veelvuldig gespeld als Alexandro, hoewel dat fout is. Jodo was een ongewenst kind. Hij was de vrucht van een verkrachting. Zijn moeder haatte zowel Jodo's vader als Jodo zelf. Hij heeft nooit tedere momenten of andere uitingen van moederliefde gekend. Hij had een Russische vader. Als het gezin zich als immigrant in Chili vestigde om er een kruidenierswinkel te openen, schaamde zijn vader zich voor hun familienaam. Maar Alejandro niet. Wat hij zijn vader te verwijten had, was een gebrek aan affectie. Op de koop toe stond zijn pa garant voor het bezorgen van trauma's door bijvoorbeeld Jodo's kat dood te schieten.

Alejandro Jodorowsky stond in zijn geboorteland op een zwarte lijst voor het schrijven van een theaterstuk die de moraal van die tijd in vraag stelde. Om geld te verdienen vroeg hij aan romanschrijver Luis Spota om een comicpagina te mogen verzorgen voor het culturele tijdschrift die hij onder zijn hoede had voor de Mexicaanse krant El Heraldo. Jodo tekende als een kind, maar zijn ideeën sloegen aan. Het kende een groot succes en het avontuur bleef vijf jaar duren. De krant verkocht elke zondag, dankzij zijn Fábulas Pánicas, een miljoen exemplaren. Na zijn vlucht naar Frankrijk ontmoette hij Mœbius. Omdat hij in hem een veel grotere tekenaar zag, besloot hij te stoppen met tekenen.